بعد از اوج گرفتن فتنه ی باب و دعوی بی مدرک او روحانیون شیعه مجلس مناظره ای با او تشکیل دادند. مناظره
علی محمد با روحانیون شیعه معروف است که در محضر ولیعهد ناصرالدین میرزا
برگزار شد و در آن باب حتی نتوانست به یکی از سوالات دینی آن ها پاسخ
داد.بعد از آن بود که علی محمد توبه کرد واز ادعاهای خویش(به علت ترس) دست
برداشت و زندانی شد.(متن مناظره علی محمد شیرازی و روحانیون شیعه و همچنین
توبه نامه ی او در حال حاضر در کتابخانه ی ملی وجود دارد).
اما
متأسفانه بعد از زندانی شدن علی محمد شیرازی لژهای یهودی فراماسونری و
عمال دولت بریتانیا که فرصت را برای فتنه از دست رفته می دیدند میرزا حسین
علی نوری را سرکار آوردند و او را به عنوان جانشین علی محمد شیرازی به
نابخردان و پیروان او معرفی کردند و آن ها را علیه دولت ایران شوراندند
بدین ترتیب عده ای اراذل و اوباش به عنوان پیروان باب آشوب و بلوا در کشور
راه انداختند و طوری که امنیت کشور را تهدید کردند. مرحوم
امیرکبیر که جز صلاح مردمان و مملکت خویش چیزی نمی خواست دستور سرکوب این
اوباش را داد و فرمان انقلابی اعدام علی محمد را صادر کرد .اما چه سود که
بداندیشان دربار ناصرالدین شاه بد امیر را می خواستند و در آخر این مرد
شریف تاریخ را که در دوران صدارت 3 ساله اش روحی دوباره به پیکر بی جان
کشور دمیده بود،سفاکانه به شهادت رساندند.